Jose Alfredo Martinez de Hoz |
Durante la etapa posterior al fin del Proceso, debió cerrar su estudio privado por las protestas en su contra. Siguió desempeñándose en finanzas, como miembro fundador del Consejo Argentino Empresario, que nuclea a algunos de los grupos empresariales más destacados del país, en Química Estrella (hoy parte del Grupo Estrella), el grupo Rohm de finanzas y el Banco General de Negocios. En 2003 debió declarar como imputado por posibles maniobras fraudulentas en este último.
Fue encarcelado, tras el retorno de la democracia, de complicidad en las actuaciones represivas y en la desaparición de personas, hasta ser finalmente indultado por Carlos Menem mediante el decreto 2745/1990. Antes había sido ya procesado por la acusación presentada en 1982 por Alejandro Olmos, que lo inculpaba de la debacle económica y de haber incurrido en defraudación al Estado por el aumento vertiginoso de la deuda externa, que se cuadruplicó durante su gestión; esta recibiría resolución el 13 de julio de 2000, cuando el juez federal Jorge Ballesteros ratificó el "carácter ilegítimo y fraudulento de la deuda externa".
En 1984 fue acusado del secuestro de los empresarios Federico Gutheim y su hijo Miguel Ernesto y llegó a cumplir 77 días de arresto por este delito, pero finalmente fue sobreseído. La Cámara Federal Penal, durante el gobierno democrático de Alfonsín, resolvió que Martínez de Hoz era ajeno a los hechos que se investigaban y revocó su prisión preventiva, en 1988. El decreto que disponía la detención de los Gutheim estaba firmado por el presidente Videla, no por Martínez de Hoz. En 1989 fue indultado por el gobierno de Carlos Saúl Menem, impidiéndose así la prosecución de ulteriores causas. En septiembre del 2006 su indulto fue declarado nulo por la justicia, un fallo confirmado por la Cámara Federal en abril de 2008, al considerar el secuestro parte de los delitos de lesa humanidad perpetrados como parte del terrorismo de Estado del gobierno de facto. En la misma causa están acusados Videla y el ex-ministro de Interior Albano Harguindeguy.
El día 4 de mayo de 2010 se dictó la prisión preventiva de Martínez de Hoz por su presunta vinculación con el secuestro de los empresarios Gutheim, la que cumplía en su domicilio al momento de su muerte.