Nació en Houston, Texas y se crió en Charleston en Virginia Oeste con su madre Pat y su padre Hill. Estudió durante 9 años ballet. Mas tarde comenzó a estudiar química pero lo cambio por drama cuando descubrió su pasión por la actuación. Se mudó a Nueva York y mientras buscaba su oportunidad actoral trabajaba como azafata. Luego se mudo a Los Ángeles, donde consiguió un papel en la serie Felicity, (donde conoció a su marido Scott Foley) y mas tarde su gran personaje en la serie Alias.
En el cumpleaños 33 de Garner, Ben Affleck le propuso matrimonio con un anillo de diamantes de 4,5 quilates (900 mg) , de Harry Winston, y la pareja se casó el 29 de junio de 2005, en una ceremonia sorpresa celebrada en el complejo turístico Parrot Cay, en las islas Turk y Caicos. Finalmente, sus relaciones públicas confirmaron el matrimonio y el embarazo. Ofició la ceremonia su compañero de reparto en Alias Victor Garber.
Su embarazo fue incorporado al argumento de Alias, reduciéndose el número de episodios de la temporada de los 22 inicialmente previstos a 17, para que Garner pudiera acogerse a la baja por maternidad. El 1 de diciembre de 2005 Jennifer Garner dio a luz a su primera hija, Violet Anne Affleck. El 17 de julio de 2008 su compañero de reparto en Alias Victor Garber confirmó que Garner y Affleck estaban esperando su segundo hijo, y que Garner estaba embarazada de cinco meses. El 6 de enero de 2009 la actriz dio a luz a su segunda hija, Seraphina Rose Elizabeth Affleck.
